Az FSC és PEFC tanúsítványok közötti választásnál figyelemmel kell lenni az alábbiakra:
Az FSC és PEFC tanúsítványok nem ismerik el egymást, a két tanúsítási rendszer ezért nem átjárható.
Amíg az FSC nem engedi meg nem minősített komponens beépítését a termékbe, addig a PEFCbizonyos feltételek mellett megengedi.
Az FSC által biztosított "Controlled Wood" és a "PEFC SFM standard szerinti fa" is eltérő kritériumok mellett jut a Felügyeleti Láncba.
A PEFC erdőtanúsítás (Sustainable Forest Managment Certification, SFMC) kidolgozása és tanúsítása a mindenkori "nemzeti szabvány"-ra épül.
Tekintve, hogy jelenleg a PEFC követelményeinek megfelelő "magyar nemzeti szabvány" -ismereteink szerint nincs is folyamatban az elkészítése-, ezért PEFC szabvány szerinti erdőtanúsítás jelenleg nem lehetséges.
A rendszerek közötti választásnál az erdőtanúsítások esetében ezen túl is fontos szempont, hogy a PEFC tanúsított fa FSC Felügyeleti Láncba nem vihető be. A fa alapú termékek (fafeldolgozás, papír-, nyomdaipar) területén viszont az FSC terjedése gyorsabb, ami a fa iránti keresletet jelentősen befolyásolhatja.