A mikroorganizmusok között vannak az ember számára hasznosak (pl.: kenyér, tejtermékek, savanyú káposzta, sör, bor előállítás során alkalmazott mikrobák), károsak és közömbösek.

Élelmiszer higiéniai szempontból a káros mikroorganizmus kártétele lehet közvetett, illetve közvetlen.

Közvetett károkozók

Közvetett kártételt azaz romlást okozó (rothadás, erjedés, avasodás, penészesedés) mikroorganizmusok elsősorban érzékszervi (szín, szag, íz) változást idéznek elő (Megjegyzendő, hogy romlott élelmiszer fogyasztása is okozhat ételmérgezést! A penészgombák által termelt mikotoxinok elsősorban idült megbetegedések (vese-, májkárosodás) okozói, de gyomor-bélrendszeri és egyéb tünetekkel járó heveny megbetegedést is kiválthatnak. A penészes gabonaféléken, -olajos magvakon, zöldségeken, gyümölcsön kívül a penészes takarmánnyal etetett állatok teje is tartalmazhat penész toxint.)

Közvetlen károkozók

A közvetlen károkozók a kórokozók, melyek képesek az ember megbetegítésére. Ezek olyan mikrobák, melyek az élelmiszerben elszaporodva az élelmiszert fogyasztó emberek szervezetében egészségkárosodást vagy betegséget okoznak. Ezek a mikrobák vagy önmaguk (ételfertőzés), vagy az általuk termelt méreganyagok (toxinok) által (ételmérgezés) fejtik ki megbetegítő hatásukat.

Az ilyen mikroorganizmusok veszélye abban rejlik, hogy az élelmiszerben való jelenlétük érzékszervi elváltozást, romlást, tehát külsőleg észlelhető elváltozást nem eredményez, így azt az emberek gyanútlanul elfogyasztják.

Az élelmiszerek kórokozó vírusokat (pl. fertőző májgyulladás vírusa) is tartalmazhatnak.

Megbetegíthetik a fogyasztót élelmiszerrel a szervezetbe kerülő egysejtűek (ostorosok, amőbák), valamint többsejtű élősködők (férgek, mikroszkopikus méretű petéi és lárvái).

Élelmezés egészségügyi szempontból legnagyobb jelentősége a kórokozó baktériumoknak van; melyek szinte mindenütt előfordulnak a környezetben. A szennyvízben, hulladékban de a talajban, különösen trágyázás után nagyon sok baktérium van.